Navegando por Autor "Babá, Élio Hideo"

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Abordagem epidemiológica e epigenética para estudo da esquistossomose mansônica.
(2019) Assenço, Regina Aparecida Gomes; Cota, Renata Guerra de Sá; Borges, William de Castro; Gomes, Maria Aparecida; Babá, Élio Hideo; Lana, Marta de; Veloso, Vanja Maria; Cota, Renata Guerra de Sá
Inicialmente foi realizado um estudo descritivo da positividade da esquistossomose mansônica, por meio de exames parasitológicos de fezes, realizados utilizando o método de Kato-Katz, no período de 2011 a 2015 no município de Mariana, Minas Gerais, Brasil. As áreas endêmicas foram localizadas por meio de mapas de distribuição. Concluiu-se que a maioria dos indivíduos infectados tinha entre 16 e 30 anos de idade; e crianças e adolescentes de 0 a 15 anos representam uma parte importante desse cenário. A maioria das pessoas infectadas apresentou uma baixa carga parasitária refletida pelo número predominante, de 0 e 4 ovos, encontrados nos exames realizados utilizando a técnica de Kato-Katz. Paralelamente, padronizou-se a metodologia de extração de miRNAs a partir de sangue, soro ou plasma de camundongos experimentalmente infectados com 100 cercárias de S. mansoni. Posteriormente o sangue total e o soro de 30 indivíduos infectados com S. mansoni e 30 não infectados, pertencentes a distritos do Município de Mariana, Minas Gerais, foram utilizados para a extração de miRNAs. Apesar de até o momento não temos uma visão consolidada do perfil de miRNA em indivíduos infectados, na esquistosomose murina detectou-se um enriquecimento dos seguintes miRNAs: Bantan, miR-2c-3p e miR190 nas amostras sequenciadas, independente do tempo e tratamento da infecção nas amostras. Nesse trabalho foi investigado se a metilação do DNA hepático, no modelo de esquistossome murina seria alterado em resposta à infecção por S. mansoni. Para investigar essa hipótese, foi avaliado: (i) a expressão dos genes DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, TET1, TET2 e TET3 (ii) o conteúdo global de metilação e (iii) se haveria correlação entre número de ovos presente no fígado e a expressão dos genes que codificam as enzimas que metilam e desmetilam o DNA. Foi observado um aumento de expressão das enzimas TET1, TET2 e TET3 em resposta à infecção por S. mansoni e na expressão das enzimas envolvidas na metilação de novo do DNA, que não apresentou correlação direta com o conteúdo global de metilação do DNA hepático. Verificou-se que a interferência epigenética ocorreu e tem particular relevância no contexto da expressão gênica e da manifestação fenotípica. Investigações adicionais explorando como as interações modulam os mecanismos de de regulação da expressão gênica ao nível epigenético no parasita, podem revelar novas estratégias dirigidas para o controle da esquistossomose.
Atividade cicatrizante de peptídeos sintéticos ricos em prolina e argina em modelo de escisão cutânea do dorso de Mus musculus swiss.
(2018) Fernandes, Arádia Gonzales de Oliveira; Andrade, Milton Hércules Guerra de; Babá, Élio Hideo; Cardoso, Leonardo Máximo; Andrade, Milton Hércules Guerra de
A pele é o maior órgão do corpo humano e possui funções cruciais na manutenção da homeostase assim como na saúde geral. As feridas são o resultado de lesões na pele e podem ser causadas por queimaduras, insetos, agentes microbianos, diabetes, isquemia e trauma. A cura de feridas é um processo essencial para reestabelecer a barreira protetora que defende o corpo do ambiente. Tipicamente, a cicatrização aguda de feridas é um processo bem organizado que leva a um reparo tecidual previsível, com plaquetas, queratinócitos, células imunológicas, células microvasculares e fibroblastos desempenhando papéis importantes na restauração da integridade tecidual. A cicatrização é um processo evolutivo conservado entre as espécies e abrange processos distintos, entretanto sobrepostos espacialmente e temporalmente que incluem a hemostasia/coagulação, inflamação, proliferação celular/reepitelização e a remodelação da matriz extracelular. Proteínas possuem um papel fundamental em todos os processos biológicos, sendo o equilíbrio finamente regulado entre a síntese e degradação fator decisivo na homeostase celular. O peptídeo natural da família das cateciclinas PR-39 (RRRPRPPYLPRPRPPPFFPPRLPPRIPPGFPPRFPPRFP) é um peptídeo natural rico em prolina e arginina secretado por macrófagos que teve sua capacidade de inibir a atividade catalítica do proteassoma 20S demonstrada assim como capacidade anti-inflamatória, através da inibição da degradação de fatores IκB, e angiogênica pela inibição da degradação de HIF-1α. Em estudos anteriores, foi demonstrado uma atividade inibitória sobre o proteassoma assim como uma atividade angiogênica de análogos ao PR-39. A análise do resultados da área da ferida, demonstra aumento da velocidade cicatrizante para o PR-11 e F-12 no décimo dia na concentração de 10-5 M, e no sétimo e décimo dia nas concentrações de 10-4 M e 10-3 M. O Bephantol® a 10-4 M, um cicatrizante clássico com dexpantenol (pré-vitamina B5), foi utilizado como controle positivo. Este apresenta aumento da velocidade de fechamento da ferida apenas no décimo dia de tratamento. Os análogos PR-11 e F12 apresentaram uma presença inferior de exudado indicativo de infecção na concentração avaliada de 10-4 M a partir do sétimo dia e o controle positivo com Bephantol® 10-4 M apresentou essa atividade apenas no décimo dia de tratamento. Esses resultados indicam a atividade antimicrobiana apresentada pelos análogos. Assim, a capacidade de aumento na velocidade de cicatrização da ferida assim como a diminuição da infecção das mesmas, torna os análogos PR-11 e F-12 ótimos candidatos a criação de formulação para utilização como cicatrizante.
Characterisation of major vault protein during the life cycle of the human parasite Schistosoma mansoni.
(2014) Reis, Eneida Virgínia; Pereira, Roberta Verciano; Gomes, Matheus de Souza; Passos, Liana Konovaloff Jannotti; Babá, Élio Hideo; Coelho, Paulo Marcos Zech; Mattos, Ana Carolina Alves de; Couto, Flávia Fernanda Búbula; Borges, William de Castro; Cota, Renata Guerra de Sá
Vaults are ribonucleoproteins (13MDa) highly conserved among lower and higher eukaryotes. Their association produces a complex composed of three proteins named Major Vault Protein (MVP), vault (PolyADP-ribose) polymerase (VPARP) and Telomerase-associated protein (TEP1), plus a small untranslated RNA. The exact function of this complex is unknown, although the biological role of vaults has been associated with multidrug resistance phenotypes and signal transduction pathways. Genomic analysis showed that model organisms, such as Caenorhabditis elegans and Drosophila melanogaster, do not possess genes encoding vaults. However, we have found that vault-related genes are present in the Schistosoma mansoni genome. These observations raised questions on the involvement of vaults in mechanisms of adaptation of the parasite in its mammalian host. Therefore, molecular characterisation of the putative Major Vault Protein performed using bioinformatics tools showed that this vault component is highly conserved in S. mansoni. The MVP expression level was quantified by qRT-PCR using total RNA from susceptible (LE) and resistant (LE-PZQ) adult worm lineages, cercariae and mechanically transformed schistosomula(MTS) cultured for 3.5, 24, 48 and 72h in vitro. Our results suggest a stage-specific expression in all developmental stages analysed. Western blotting has shown upregulation of SmMVP in the MTS-3.5, 72 h and resistant adult worms, and similar levels in all other stages. Furthermore, SmMVPwas found differentially expressed in adult males and females fromthe susceptible lineage. Further studies should clarify whether SmMVP is somehow linked to drug resistance in S. mansoni.
Deep sequencing of small RNAs reveals the repertoire of miRNAs and piRNAs in Biomphalaria glabrata.
(2020) Queiroz, Fábio Ribeiro; Portilho, Laysa Gomes; Jeremias, Wander de Jesus; Babá, Élio Hideo; Amaral, Laurence Rodrigues do; Silva, Luciana Maria; Coelho, Paulo Marcos Zech; Caldeira, Roberta Lima; Gomes, Matheus de Souza
BACKGROUND Biomphalaria glabrata snails are widely distributed in schistosomiasis endemic areas like America and Caribe, displaying high susceptibility to infection by Schistosoma mansoni. After the availability of B. glabrata genome and transcriptome data, studies focusing on genetic markers and small non-coding RNAs have become more relevant. The small RNAs have been considered important through their ability to finely regulate the gene expression in several organisms, thus controlling the functions like cell growth, metabolism, and susceptibility/resistance to infection. OBJECTIVE The present study aims on identification and characterisation of the repertoire of small non-coding RNAs in B. glabrata (Bgl-small RNAs). METHODS By using small RNA sequencing, bioinformatics tools and quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (RT-qPCR), we identified, characterised, and validated the presence of small RNAs in B. glabrata. FINDINGS 89 mature miRNAs were identified and five of them were classified as Mollusk-specific. When compared to model organisms, sequences of B. glabrata miRNAs showed a high degree of conservation. In addition, several target genes were predicted for all the mature miRNAs identified. Furthermore, piRNAs were identified in the genome of B. glabrata for the first time. The B. glabrata piRNAs showed strong conservation of uridine as first nucleotide at 5’ end, besides adenine at 10th position. Our results showed that B. glabrata has diverse repertoire of circulating ncRNAs, several which might be involved in mollusk susceptibility to infection, due to their potential roles in the regulation of S. mansoni development. MAIN CONCLUSIONS Further studies are necessary in order to confirm the role of the Bgl-small RNAs in the parasite/host relationship thus opening new perspectives on interference of small RNAs in the organism development and susceptibility to infection.
Dieta hiperlipídica materna desregula o metabolismo hepático da prole adulta F2.
(2019) Sousa, Graziele Galdino de; Alzamora, Andréia Carvalho; Cota, Renata Guerra de Sá; Alzamora, Andréia Carvalho; Cota, Renata Guerra de Sá; Babá, Élio Hideo; Silva, Marcelo Eustáquio; Vieira, Paula Melo de Abreu; Festuccia, William Tadeu Lara
O estado nutricional no início da vida está envolvido no fenótipo metabólico da prole. Dados anteriores de nosso laboratório demonstraram que o consumo de dieta hiperlipídica durante acasalamento, gestação e lactação (59 dias) induziu distúrbios característicos da síndrome metabólica em progenitoras da geração zero (G0), que foram transmitidos aos seus descendentes da primeira (F1) e segunda geração (F2), apesar de terem sido alimentados com dieta controle por 13 semanas pós-desmame. No entanto, os mecanismos que levam à desregulação metabólica na prole ainda não estão claros. Dessa forma, o presente estudo avaliou o efeito do consumo materno de dieta hiperlipídica na expressão de genes envolvidos no metabolismo hepático de glicose, lipídeos e colesterol da G0 e F2, a fim de determinar se os distúrbios metabólicos da F2 foram desencadeados pela desregulação de vias metabólicas hepáticas da G0, que persistiu até a F2. Para isso, ratos foram acasalados com ratas, ambos da linhagem Fischer com 90 dias de idade, não consanguíneos, para geração da prole F1. Machos e fêmeas da prole F1 com 90 dias de idade, não consanguíneos, foram acasalados para geração da prole F2. As progenitoras foram alimentadas com dieta hiperlipídica (grupo G0-DH) ou controle (grupo G0-DC) durante o acasalamento, gestação e lactação (59 dias). As proles F1 e F2 receberam dieta controle após desmame até completar 90 dias de idade. A prole F2 foi dividida em dois grupos de acordo com alimentação da G0: prole F2 de progenitoras G0-DC (grupo F2-DC) e prole F2 de progenitoras G0-DH (grupo F2-DH). Nossos resultados revelaram que a dieta hiperlipídica materna induziu aumento da glicemia de jejum, dos níveis séricos de triglicérides e insulina, do HOMAIR, da massa relativa do fígado, do conteúdo de triglicérides hepático e da peroxidação lipídica nos grupos G0-DH e F2-DH. As progenitoras G0-DH apresentaram ainda esteatose microvesicular intensa, aumento do conteúdo de colesterol hepático e da atividade da SOD. Também foi observado que a prole F2-DH apresentou esteatose microvesicular discreta e aumento dos níveis séricos das enzimas ALT e AST e do colesterol total e da AUC do TTOG. A análise da expressão de genes envolvidos no metabolismo hepático de glicose revelou que a dieta hiperlipídica materna induziu redução dos níveis de mRNA de Insr, Irs1 e Akt2 e aumento dos níveis de mRNA de Fbp1 nos grupos G0-DH e F2-DH. Além disso, as progenitoras G0-DH apresentaram aumento da expressão gênica de Gp. Em relação ao metabolismo de lipídeos, foi observado que as progenitoras G0-DH apresentaram aumento dos níveis de mRNA de Srebp1c e níveis similares de mRNA de Hadh. No entanto, foi visto que a prole F2-DH apresentou níveis similares de mRNA de Srebp1c e aumento dos níveis de mRNA de Hadh. Em relação à expressão de genes envolvidos no metabolismo hepático de colesterol, foi observado que as progenitoras G0-DH apresentaram aumento da expressão de mRNA de Hmgcr e Ldlr. Em contrapartida, foi observado que a prole F2- DH apresentou redução dos níveis de mRNA de Hmgcr e níveis similares de mRNA de Ldlr. A análise da expressão gênica de sirtuínas mostrou que os grupos G0-DH e F2-DH apresentaram redução dos níveis de mRNA de Sirt1, Sirt2, Sirt3 e Sirt7. Além disso, a prole F2-DH apresentou redução dos níveis de mRNA de Sirt5 e Sirt6. Nossos achados sugerem que o consumo de dieta hiperlipídica durante o acasalamento, a gestação e a amamentação induziu desregulação no metabolismo hepático da G0, que levou a distúrbios metabólicos que persistiram até a F2, indicando que a dieta hiperlipídica materna atuou como um desregulador metabólico hepático transgeracional na F2. Nossos dados reforçam a importância da nutrição materna para a saúde da segunda geração de descendentes.
O efeito da pressão seletiva com praziquantel na diversidade genética da cepa LE de Schistosoma mansoni.
(Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas. Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós Graduação, Universidade Federal de Ouro Preto., 2005) Lage, Regina Coeli Gonçalves; Babá, Élio Hideo
A esquistossomose é uma das doenças parasitárias que causam maior impacto na saúde humana em todo o mundo. No Brasil, ela é causada pelo platelminto trematodeo digenéico Schistosoma mansoni. A medida de controle da esquistossomose mais importante é o emprego da quimioterapia específica em larga escala. Atualmente, o medicamento de escolha para o tratamento da esquistossomose causada por todas as espécies de Schistosoma é o praziquantel (PZQ). Apesar do PZQ ser eficaz e seguro, seu uso em larga escala em áreas endêmicas e tratamentos repetitivos podem causar a seleção de cepas resistentes. Isolados resistentes, ou com baixa susceptibilidade, já foram encontrados na natureza e também podem ser selecionados em laboratório. O impacto da seleção de indivíduos que apresentam o fenótipo de resistência em uma população ainda não foi estudado. Este trabalho teve como objetivo selecionar uma cepa de S. mansoni resistente ao PZQ e analisar o perfil genético da cepa selecionada em co mparação com a que a originou utilizando marcadores polimórficos do tipo microssatélites. Para induzir a resistência ao PZQ foi utilizada a cepa de S. mansoni LE. Camundongos infectados foram tratados com doses crescentes de PZQ, até a dose curativa, durante sete gerações. O DNA de vermes obtidos a cada geração foi analisado utilizando seis loci de microssatélites. Os dados parasitológicos e genéticos obtidos foram comparados com dados da mesma cepa sem indução de resistência. Após seis gerações do parasito submetido ao tratamento com PZQ foi possível obter uma cepa de S. mansoni com susceptibilidade diminuída a PZQ. Vermes fêmeas apresentaram maior susceptibilidade a PZQ que vermes machos apenas na população selecionada. A pressão seletiva com PZQ diminuiu a diversidade genética de S. mansoni. Não houve diferença significativa quanto a diversidade genética de vermes fêmeas e machos. A obtenção de uma cepa resistente a PZQ é de fundamental importância para estudos de mecanismos de resistência e será também útil para a comparação dos níveis de sensibilidade de isolados de campo.
Epigenética no tecido adiposo retroperitoneal de ratos alimentados com dieta rica em carboidratos simples após treinamento físico de natação.
(2018) Santos, Talita Adriana Pereira dos; Cota, Renata Guerra de Sá; Barboza, Natália Rocha; Cota, Renata Guerra de Sá; Babá, Élio Hideo; Isoldi, Mauro César
A adiposidade corporal é um importante fator de risco para o desenvolvimento de doenças metabólicas, sugerindo um papel importante do tecido adiposo para a evolução dessas condições. Fatores ambientais como componentes dietéticos e a prática de atividades físicas podem contribuir para a modulação epigenética dos tecidos, porém não é claro o momento em que essa reprogramação acontece bem como se tais eventos antecedem o surgimento de fenótipos dessas doenças. Neste trabalho objetivamos avaliar o efeito de uma dieta rica em carboidratos simples e do treinamento físico de natação sobre a modulação epigenética no tecido adiposo retroperitoneal de animais jovens. Ratos Wistar machos recém-desmamados foram divididos em dois grupos: alimentados com uma dieta controle ou uma dieta rica em carboidratos simples e subdivididos em um grupo sedentário e um grupo treinado que foi submetido a 60 minutos de treinamento físico regular de natação com carga de trabalho por um período de quatro (20 sessões) ou oito semanas (40 sessões). Após esse período, os animais foram eutanasiados, os soros e os tecidos adiposos foram removidos para avaliar os parâmetros bioquímicos, o perfil de metilação do DNA, assim como a expressão de mRNA das enzimas metilases e desmetilases do DNA e das sirtuínas 1-7 por reação em cadeia da polimerase da transcrição reversa em tempo real. A dieta rica em carboidratos simples aumentou os coxins gordurosos retroperitoneal e epididimal, os níveis séricos de insulina e o índice HOMA-IR relacionado à hipertrofia dos adipócitos no período de 8 semanas. O treinamento físico de natação impediu o ganho excessivo de massa corporal nos animais alimentados com a dieta rica em carboidratos simples por 8 semanas, além de impedir a hipertrofia do tecido adiposo retroperitoneal induzido pela dieta. A análise comparativa revelou diminuição dos níveis de mRNA das sirtuínas 1, 2, 6 e 7 induzidos pela dieta rica em carboidratos simples e que não foi revertido pelo treinamento físico no período de oito semanas. A natação com carga de trabalho diminuiu a expressão das sirtuínas 3 e 5 no mesmo período, enquanto que a dieta rica em carboidratos simples aumentou os níveis da sirtuína 5. Em relação à metilação do DNA, não observamos alterações na metilação global, assim como na expressão gênica das enzimas envolvidas nesse processo. Assim, demonstramos que a expressão gênica de sirtuínas é modulada em função da idade e dieta e pode ser alterada através do treinamento físico, e ainda, que estas condições não induziram uma modificação na metilação do DNA nesse período de tempo estudado.
Genome-wide identification, characterisation and expression profiling of the ubiquitin-proteasome genes in Biomphalaria glabrata.
(2019) Portilho, Laysa Gomes; Duarte, Bruna Custódio Dias; Queiroz, Fábio Ribeiro; Ribeiro, Thales Henrique Cherubino; Jeremias, Wander de Jesus; Babá, Élio Hideo; Coelho, Paulo Marcos Zech; Morais, Enyara Rezende; Cabral, Fernanda Janku; Caldeira, Roberta Lima; Gomes, Matheus de Souza
BACKGROUND Biomphalaria glabrata is the major species used for the study of schistosomiasis-related parasite-host relationships, and understanding its gene regulation may aid in this endeavor. The ubiquitin-proteasome system (UPS) performs post-translational regulation in order to maintain cellular protein homeostasis and is related to several mechanisms, including immune responses. OBJECTIVE The aims of this work were to identify and characterise the putative genes and proteins involved in UPS using bioinformatic tools and also their expression on different tissues of B. glabrata. METHODS The putative genes and proteins of UPS in B. glabrata were predicted using BLASTp and as queries reference proteins from model organism. We characterised these putative proteins using PFAM and CDD software describing the conserved domains and active sites. The phylogenetic analysis was performed using ClustalX2 and MEGA5.2. Expression evaluation was performed from 12 snail tissues using RPKM. FINDINGS 119 sequences involved in the UPS in B. glabrata were identified, which 86 have been related to the ubiquitination pathway and 33 to proteasome. In addition, the conserved domains found were associated with the ubiquitin family, UQ_con, HECT, U-box and proteasome. The main active sites were lysine and cysteine residues. Lysines are responsible and the starting point for the formation of polyubiquitin chains, while the cysteine residues of the enzymes are responsible for binding to ubiquitin. The phylogenetic analysis showed an organised distribution between the organisms and the clades of the sequences, corresponding to the tree of life of the animals, for all groups of sequences analysed. The ubiquitin sequence was the only one with a high expression profile found in all libraries, inferring its wide range of performance. MAIN CONCLUSIONS Our results show the presence, conservation and expression profile of the UPS in this mollusk, providing a basis and new knowledge for other studies involving this system. Due to the importance of the UPS and B. glabrata, this work may influence the search for new methodologies for the control of schistosomiasis.
Localização física do BAC clone AL 619337 no genoma de Schistosoma mansoni utilizando a técnica de FISH (fluorescence in situ hybridization).
(Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas. Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós Graduação, Universidade Federal de Ouro Preto., 2004) Jeremias, Wander de Jesus; Babá, Élio Hideo
A Esquistossomose, também conhecida como “Bilharziose” ou, popularmente, “Barriga d’água” ou “Chistosa” é uma doença crônica e debilitante ou mesmo fatal em alguns casos, que afeta principalmente indivíduos em áreas rurais, sendo endêmica em países tropicais e subtropicais. È causada pelo platelminto trematódeo digenético Schistosoma mansoni. Devido a sua grande importância sócio-econômica da doença em países em desenvolvimento, foi montado um projeto para seqüenciamento e estudo do genoma de seu agente etiológico, o S. mansoni. A ênfase inicial do projeto foi dada na etapa de seqüenciamento de cDNA, devido à existência de poucos genes seqüenciados do parasita. Como parte deste projeto, iniciou-se a construção de um mapa físico do genoma do S. mansoni. E para a consolidação de tal mapa, a localização física de grandes fragmentos de DNA genômico clonados em vetores BAC e YAC no genoma do parasita por meio da técnica de FISH (“Fluorescence in situ Hybridization”) é de fundamental importância. Neste trabalho, o DNA do BAC clone AL619337, desde então denominado BAC2A, foi fisicamente localizado no genoma do S. mansoni por meio da técnica de FISH. Foi estabelecido como 28 dias o melhor tempo de infecção do caramujo hospedeiro para obtenção de maior número de células metafásicas do parasita por lâmina. Uma vez ajustada a concentração do fluoróforo PI com qual os cromossomos metafásicos do parasita foram contra corados e também do conjugado Avidina-FITC, o sinal de hibridização foi visualizado na região de transição entre eucromatina e heterocromatina do braço curto do cromossomo sexual W em todas as metáfases de fêmea observadas. Não foi observado sinal homólogo no outro cromossomo sexual Z, mostrando que o DNA localizado é específico de fêmeas de S. mansoni. Trabalhos desta natureza permitem obter informações sobre a estrutura do genoma. Tais informações associadas a outras referentes à função de determinado gene permitem responder questões determinantes na patologia causada por este importante parasita.
Mapeamento físico dos retrotransposons boudicca e perere no genoma do Schistosoma mansoni.
(Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas. Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós Graduação, Universidade Federal de Ouro Preto., 2006) Valentim, Cláudia Laignier Lage; Babá, Élio Hideo
O Schistosoma mansonié o agente etiológico da esquistossomose, uma doença endêmica em vários países. O estudo do seu genoma, estimado em 270Mb é de grande importância para se entender a sua biologia, os mecanismos de resistência a drogas e sua variação antigênica. O mapeamento físico do genoma do S. mansoniestá sendo construído e a localização de genes pelas técnicas de FISH (Fluorescence in situhybridization) e PRINS (Primed in situlabeling), são estratégias utilizadas neste estudo, entretanto, há pouca informação disponível sobre estemapeamento. O principal objetivo deste trabalho foi a localização do retrotransposon Perere, com grande nível de expressão gênica e o Boudicca, que está presente em grande número de cópias, e que representam as famílias deretrotransposon, respectivamente, não-LTR e LTR. Os BAC clones 1A e 11A foram selecionados por bioinformática por apresentaram similaridade para o Perere e Boudicca, respectivamente. Utilizando cromossomos metafásicos obtidos a partir de esporocistos da cepa LE do S. mansonie as técnicas de FISH e PRINS foi possível, pela primeira vez, localizarfisicamente estes retrotransposons. O Perere foi localizado nas regiões de eucromatina do par de cromossomos homólogos 2 e o Boudicca, nas regiões de eucromatina dos cromossomos 2 e Z. Estas localizações abrem a perspectiva de se estudar a localização destes retrotransposons nas várias fases do ciclo de vida do parasito o que permitirá inferir sobre a transposição destes elementos para as demais regiões dos mesmos cromossomos, ou mesmo, para outros cromossomos. Uma vez observada estas variações na localização, poderemos inferir sobre a função destes retrotransposons nos mecanismos de variabilidade genética observada neste parasito.
Molecular characterization of SUMO E2 conjugation enzyme : differential expression profile in Schistosoma mansoni.
(2011) Pereira, Roberta Verciano; Cabral, Fernanda Janku; Gomes, Matheus de Souza; Babá, Élio Hideo; Passos, Liana Konovaloff Jannotti; Carvalho, Omar; Rodrigues, Vanderlei; Afonso, Robson José de Cássia Franco; Borges, William de Castro; Cota, Renata Guerra de Sá
SUMO-dependent post-translational modification is implicated in a variety of cellular functions including gene expression regulation, nuclear sub-localization, and signal transduction. Conjugation of SUMO to other proteins occurs in a similar process to ubiquitination, which involves three classes of enzymes: an E1 activating, an E2 conjugating, and an E3 target-specific ligase. Ubc9 is the unique SUMO E2 enzyme known to conjugate SUMO to target substrates. Here, we present the molecular characterization of this enzyme and demonstrate its expression profile during the S. mansoni life cycle. We have used bioinformatic approaches to identify the SUMO-conjugating enzyme, the SmUbc9-like protein, in the Schistosoma mansoni databases. Quantitative RT-PCR was employed to measure the transcript levels of SUMO E2 in cercariae, adult worms, and in vitro cultivated schistosomula. Furthermore, recombinant SmUbc9 was expressed using the Gateway system, and antibodies raised in rats were used to measure SmUbc9 protein levels in S. mansoni stages by Western blotting. Our data revealed upregulation of the SmUbc9 transcript in early schistosomula followed by a marked differential gene expression in the other analyzed stages. The protein levels were maintained fairly constant suggesting a post-transcriptional regulation of the SmUbc9 mRNA. Our results show for the first time that S. mansoni employs a functional SUMO E2 enzyme, for the conjugation of the SUMO proteins to its target substrates.
NEDD8 conjugation in Schistosoma mansoni : genome analysis and expression profiles.
(2013) Pereira, Roberta Verciano; Gomes, Matheus de Souza; Olmo, Roenick Proveti; Sousa, Daniel M.; Passos, Liana Konovaloff Jannotti; Babá, Élio Hideo; Borges, William de Castro; Cota, Renata Guerra de Sá
NEDD8 is an ubiquitin-like molecule that covalently binds to target proteins through an enzymatic cascade analogous to ubiquitylation. This modifier is known to bind to p53 and p73, as well as all Cullin family proteins, which are essential components of Skp1/Cul-1/F-box protein (SCF)-like Ub ligase complexes. Here, we focused on a genomic analysis of the genes involved in the NEDD8 conjugation pathway in Schistosoma mansoni. The results revealed seven genes related to NEDD8 conjugation that are conserved in Schistosoma japonicum, Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster and Homo sapiens. We performed quantitative RT-PCR (qRT-PCR), which showed differential profiles for Smnedd8, Smapp1, Smuba3, Smube2f, Smdcn1, Smrbx and Smsenp8 throughout the life cycle of S. mansoni. Upregulation was observed in 3-day-old schistosomula and adult worms for all analysed genes. We also analysed the transcription levels of Cullin family members Smp63 and Smp73, and observed upregulation in early schistosomula, while cercariae and adult worms showed expression levels similar to one another. Taken together, these results suggest that the NEDDylation/ DeNEDDylation pathway controls important cellular regulators during worm development from cercariae to schistosomula and, finally, to adult.
A novel and efficient and low-cost methodology for purification of Macrotyloma axillare (Leguminosae) seed lectin.
(2008) Santana, Marcos Aurélio de; Santos, Alexandre Martins Costa; Oliveira, Marcelo Eurípedes; Oliveira, Jamil Silvano de; Babá, Élio Hideo; Santoro, Marcelo Matos; Andrade, Milton Hércules Guerra de
The N-acetyl-galactosamine specific lectin fromMacrotyloma axillare seeds (LMA)was purified by precipitation and ion exchange chromatography. The LMA 0.2 mol L−1 fraction showed hemagglutinating activity on erythrocytes A1. The results for molecular mass determinations were about 28 kDa. The LMA pHdependent assays showed best hemagglutinating activity at pH 6.0–8.0; being decreased at acidic/alkaline conditions and by EDTA treatment. LMA is a tetramer at pH 8.2 and a dimer at pH 4.0. Human erythrocytes from ABO system confirmed the A1 specificity for LMA. This new methodology is useful and easy, with low costs, for lectin purification in large amounts.
Parâmetros epigenéticos e parasitológicos associados à esquistossomose mansônica em camundongos C57BL/6 EBi3-/-.
(2020) Mota, Ester Alves; Cota, Renata Guerra de Sá; Cota, Renata Guerra de Sá; Babá, Élio Hideo; Cabral, Fernanda Janku; Andrade, Milton Hércules Guerra de; Soares, Rodrigo Dian de Oliveira Aguiar
A hipótese desse trabalho é que o parasito Schistosoma mansoni em resposta ao sistema imune do hospedeiro mamífero altera seu estado epigenético e modula o estado epigenético do hospedeiro definitivo, e consequentemente a extensão do granuloma hepático. Para investigar essa hipótese foi utilizada a infecção em modelo murino C57BL/6 EBi3-/- e delineados os objetivos específicos: (i) a investigação dos efeitos parasitológicos; (ii) se o parasito modularia mecanismos epigenéticos no hospedeiro; (iii) se o hospedeiro poderia afetar a expressão de genes relacionados a mecanismos epigenéticos do parasito; (iv) avaliar a expressão de miRNAs e lncRNAs de S. mansoni no modelo C57BL/6 EBi3-/- bem como o potencial desses ncRNAs como biomarcadores (v) avaliar a expressão de genes relacionados a epigenética na cepa LE do S. mansoni resistente ao praziquantel (LE-PZQ). Foram utilizados camundongos C57BL/6 WTC (selvagem controle), WTI (selvagem infectado), EBi3-/-C (nocaute controle) e EBi3-/- I ( nocaute infectado) todos com 55 dias de infecção, 100 cercárias. Nos experimentos com S. mansoni, foram utilizados pool de parasitos recuperados de camundongos WT (LE-controle), cepa LE-PZQ e recuperados de EBi3-/- (LE de EBi3-/- ). Os resultados mostram que a esquistossomose murina no modelo C57BL/6 EBi3-/- I apresenta uma diminuição no dano hepático, no volume e número dos granulomas e quantidade de ovos nas fezes em relação ao observado no grupo WTI, (p<0,05) A demetilação do DNA está mais ativa que a metilação em todos os grupos devido ao maior nível de expressão das TETs em comparação com a expressão das DNMTs, sendo que, quanto maior o número de granulomas, menor a expressão de TET3 e DNMT1 em EBi3-/- I (p<0,05) A infecção por S. mansoni induz uma diminuição no conteúdo de metilação global do DNA. Os vermes adultos machos, recuperados do modelo C57BL/6 EBi3-/- apresentaram uma diminuição no conteúdo de metilação global do DNA comparando com o macho controle, bem como diminuição na expressão de SmUSPs 7, 22, 46 e 49, o que pode afetar o turnover da via ubiquitinaproteassoma e alterar o padrão de ubiquitinação nas histonas. Já na cepa LE-PZQ o SmUSP15 foi o único gene up regulado em machos. Verificamos também que os miRNAs 190 e 125A possuem função sexo-específica em S. mansoni, o miR-190-3p foi o único encontrado no plasma de C57BL/6 EBi3-/- I. Os lncRNA5 6 e 7 foram detectados no plasma de C57BL/6 EBi3-/- . Os dados indicam uma modulação epigenética do hospedeiro mamífero no parasito e abrem perspectivas para a influência epigenética na interação parasito-hospedeiro.
Physical localization of the retrotransposons Boudicca and Perere 03 in Schistosoma mansoni.
(2008) Valentim, Cláudia Laignier Lage; Gomes, Matheus de Souza; Jeremias, Wander de Jesus; Cunha, Juliana Cecília; Oliveira, Guilherme Corrêa de; Botelho, Ana Cristina de Carvalho; Pimenta, Paulo Filemon Paolucci; Passos, Liana Konovaloff Jannotti; Cota, Renata Guerra de Sá; Babá, Élio Hideo
Schistosoma mansoni is 1 of the causative agents of schistosomiasis, an endemic disease in 76 countries of the world. The study of its genome, estimated to be 270 Mb, is very important to understanding schistosome biology, the mechanisms of drug resistance, and immune evasion. Repetitive elements constitute more than 40% of the S. mansoni genome and may play a role in the parasite evolution. The retrotransposons Boudicca, a long terminal repeat (LTR), and Perere 03, a non-LTR, are present in a high number in the S. mansoni genome and were localized with the use of fluorescence in situ hybridization (FISH) and primed in situ labeling (PRINS). Bacterial artificial chromosomes (BAC) clones containing the retrotransposons Boudicca and Perere 03 were selected by bioinformatic analysis and used as probes in FISH. Using metaphase chromosomes from sporocysts and the FISH and PRINS techniques, we were able to map these retrotransposons. Perere 03 was localized in the euchromatic regions of the short arm of chromosome 2 and Boudicca in
Preliminary analysis of miRNA pathway in Schistosoma mansoni.
(2009) Gomes, Matheus de Souza; Cabral, Fernanda Janku; Passos, Liana Konovaloff Jannotti; Carvalho, Omar; Rodrigues, Vanderlei; Babá, Élio Hideo; Cota, Renata Guerra de Sá
RNA silencing refers to a series of nuclear and cytoplasmatic processes involved in the post-transcriptional regulation of gene expression or post-transcriptional gene silencing (PTGS), either by sequence-specific mRNA degradation or by translational arrest. The best characterized small RNAs are microRNAs (miRNAs), which predominantly perform gene silencing through post-transcriptional mechanisms. In this work we used bioinformatic approaches to identify the parasitic trematode Schistosoma mansoni sequences that are similar to enzymes involved in the post-transcriptional gene silencing mediated by miRNA pathway.We used amino acid sequences of well-known proteins involved in the miRNA pathway against S. mansoni genome and transcriptome databases identifying a total of 13 putative proteins in the parasite. In addition, the transcript levels of SmDicer1 and SmAgo2/3/4 were identified by qRT-PCR using cercariae, adult worms, eggs and in vitro cultivated schistosomula. Our results showed that the SmDicer1 and SmAgo2/3/4 are differentially expressed during schistosomula development, suggesting that the miRNA pathway is regulated at the transcript level and therefore may control gene expression during the life cycle of S. mansoni.
Serratia marcescens resistente ao manganês e estratégias para biorremediação de ambientes contaminados.
(2018) Queiroz, Pollyana Santos; Cota, Renata Guerra de Sá; Góes Neto, Aristóteles; Cota, Renata Guerra de Sá; Babá, Élio Hideo; Andrade, Milton Hércules Guerra de
O manganês (II) solúvel que tem sido associado a uma crescente contaminação de corpos aquáticos e problemas de saúde humana devido à sua toxicidade. Na busca por estratégias ecologicamente adequadas para a sua remoção, podemos destacar os isolados de Serratia marcescens, que teve seu o potencial demonstrado na remoção de altas concentrações desse metal. Como forma de melhorar a eficiência de remoção de Mn (II) dessa espécie, um meio de cultura rico em nutrientes (meio NB) suplementado com Mn (II) foi comparado com um meio pobre em nutrientes (meio K) para avaliar a sua influência no processo de remoção por duas diferentes cepas, uma não pigmentada (CL11) e outra pigmentada (LG1) que ainda não tinha sido estudada. Uma vez que um meio rico pode favorecer um maior crescimento bacteriano, uma maior remoção de Mn (II) pode ocorrer. No meio NB, a cepa LG1 e a cepa CL11 exibiram um melhor crescimento e maior tolerância ao Mn (II) (0-2000 mg L − 1). Além disso, uma melhor remoção de Mn (II) (64,25%) e o aumento da formação de óxidos de Mn foram observados neste meio, especialmente para o isolado LG1. A análise de EELS revelou Mn no interior da célula de LG1 e a análise de EDX revelou Mn fora da célula de CL11, indicando que as duas cepas removem Mn (II) através de mecanismos distintos. A bioxidação de Mn pelo isolado CL11 parece envolver mecanismos indiretos que alteram o pH do meio, enquanto o isolado LG1 parece usar um mecanismo direto para a biooxidação mediada por componentes celulares, como proteínas intracelulares. É a primeira vez que o alto potencial do meio NB para remoção de Mn é demonstrado. Este meio influenciou em uma melhor remoção de Mn e na formação de óxidos, especialmente no caso do isolado LG1 pigmentado. Como a cepa LG1 apresentou um potencial diferenciado na bio-oxidação de Mn (II), o seu foi proteoma foi analisado na ausência e presença de Mn (II) através da abordagem shotgun, para obter informações sobre como as bactérias respondem a esse metal e identificar as proteínas envolvidas na sua oxidação. A cepa LG1, que cresceu igualmente bem nas duas condições, expressou um conjunto de proteínas relacionadas aos processos celulares vitais para a sobrevivência, bem como proteínas envolvidas na adaptação e tolerância ao Mn (II). A multicobre oxidase CueO foi identificada, indicando sua provável participação na bioxidação de Mn (II), no entanto, sua expressão não foi modulada pela presença desse metal. Um conjunto de proteínas relacionadas aos processos celulares e metabólicos vitais para as células foram reguladas negativamente na presença de Mn (II), enquanto as proteínas relacionadas à membrana celular envolvidas na manutenção da integridade celular e sobrevivência sob estresse foram upreguladas sob essa condição. Este estudo permitiu obter o primeiro proteoma total dessa espécie nas condições de ausência de presença de Mn (II). O pigmento prodigiosina sintetizado pela cepa LG1 foi caracterizado e foi possível observar o efeito de elevadas concentrações de Mn (II) na sua produção e o seu efeito protetor para a cepa nessas condições. Entretanto é necessário estudar a relação direta da prodigiosina com a remoção de Mn (II). Em conjuntos, estes resultados demonstram o potencial biotecnológico de isolados de S. marcescens na biorremediação de Mn (II) e sugerimos a sua utilização juntamente com o meio NB em grandes biorreatores contínuos para o tratamento de efluentes contaminados com Mn. Além disso, a lista de proteínas expressas identificadas pela análise proteômica pode ser usada como uma ferramenta em experimentos futuros para validar esses achados.